碇源渡死了，这个一直作为幕后黑手的人死了，而没有了他，人类补完计划直接就要搁浅，但这还不是最重要的，最重要的是，他是主角的父亲，初号机潜藏灵魂唯的丈夫，也是绫波丽最在乎的人，更是人类补完计划的执行者。
他身上的种种身份让他的死就像一颗原子弹被引爆了一般，那滔天的风波在短短一个小时之内就席卷了整个世界，并且谁斗殴没有注意到，亚当消失了，渚薰也消失了。
消失的亚当跟渚薰在哪里呢？此时的他已经提着装亚当的箱子绕过了中央教条区，进入了最底层，来到了被钉在十字架的莉莉丝面前。
渚薰来到这里的目的就是释放莉莉丝，跟旧躯融合，成就永恒迎接新的时代，而一旦他成功，第三次冲击就会到来，那时地球上所有的生命都会消失。
正是因为这种剧烈的变化，系统才加大了能量的输出，将入侵速度再一次提升，而此时系统入侵这个世界的程度已经达到了百分之八十，也就是说，除了最核心的区域外，这个世界绝大部分都在它的控制之中。
“也就是说，接下来只要全力攻陷这个世界的核心，拿下这个世界的控制权，这个世界就归我了，对不对？”叶云站在窗口前，看着渐渐西斜的太阳，缓缓说道。
“是的，不过由于核心也就是天道法则依然还在这个世界的世界意识控制下，所以一旦它发现不对，还是有可能自爆摧毁这个世界。”系统的话让叶云心中的兴奋稍微减弱了一些，不过他的脸上依然挂着灿烂的笑容。
叶云想了想，道：“那就加快入侵的速度，先让它无法自爆这个世界，到时即便被发现，最多有点损伤，但我们也还依然能拿下这个世界，我可不想这么多能量打水漂了。”
系统没有回答叶云的话，不过叶云却又感觉到了一点轻微的眩晕感，想来是系统再次加大的能量的输出，而叶云作为系统的宿主，虽然这些能量不是用他的，但也是经由他的身体作为通道，因此他感觉到了点点不适。
叶云明白，这是自己的身体快要到达极限了，如果能量的输出再加快，他的身体就有可能会受到损伤，所以他连忙在房间当中布下结界，然后盘腿坐了下来，他要调整自己的状态，让自己时刻处于最佳状态才行。
在叶云盘膝坐下的时候，第三冬京市的最底层也发生了剧烈的大战，跟旧躯融合的渚薰变得巨大无比，而且头顶因为能量的富集产生了一个类似于天使头顶上的光圈，而一旦他长出翅膀并拔出插在莉莉丝身上的朗基努斯枪，第三次冲击将会来临，于是所有的EVA尽皆出动，前来阻止渚薰拔出朗基努斯枪。
然而，在地上战斗的双方都没有注意到，原本只是临近落日时分，太阳还没有落山，但此时的天空却已经变得通红，就好像天上的云朵真的燃烧了一般。
“轰！”
无论是EVA还是使徒，双方一旦战斗起来那破坏力都是巨大的，更何况还是从新融合了旧躯的亚当，因此很快明日香他们几个就被击败了，只剩下碇真嗣跟他的初号机还在坚持。
“真嗣，没想到我有一天居然会成为敌人，不过不要怪我，要怪就怪你父亲吧，要不是他，我也不会变成现在这个样子，不过现在说什么都迟了，真嗣，现在就让我们决一死战吧！”
“轰！”
渚薰的话说完，双方再次对撞在一起，而因为绫波丽跟明日香被击败，生命安全危在旦夕，在得知自己的父亲是死在渚薰的手里，碇真嗣癫狂了。
碇真嗣的癫狂对应在初号机的身上就是“暴走”，初号机再次暴走了，而且这次暴走不再是初号机单方面的暴走，进而陷入无意识的混乱状态，这次的暴走碇真嗣的意识依然是清醒的，他依然能控制初号机，而且他跟初号机的同步率已经达到了百分之四百。
百分之四百的同步率代表着什么？百分之四百的同步率代表着，碇真嗣的身体已经消融在了lcl当中，彻底跟初号机融为一体了，就跟他的母亲当初一样。
彻底跟初号机融为一体的碇真嗣真正发挥出了EVA的实力，那狂暴而彭拜的AT立场汹涌而出，随后因为能量太过巨大，初号机的头顶也出现了一个光圈。
在指挥部的葛城美里他们看到眼前的这一幕，脸上露出了苦涩的笑容，这个光圈代表着什么，他们这些知情人都懂，而一个光圈已经够致命了，现在还出现了两个，也就是说，如果没有意外的话，第三次冲击的到来已经无法避免，因为无论是谁生谁败，胜者都会成神，然后那巨大的力量就会引起强烈的冲击，将会将剩下的生物全部杀死。
碇真嗣他们这边的战斗进入了关键时刻，叶云他们这边也来到了关键时刻，系统严格的执行了叶云的想法，然后系统的入侵就被发现了，不过世界意识发现的有点迟了，此时的他已经无法将整个世界都摧毁了，现在的它只能拼命抵抗系统的入侵，将系统赶出核心区域之后才能自爆这个宇宙，让系统无法得手。
现在这种情况，这个世界可以说已经有九成九属于他们了，接下来只要消耗大量的能量，然后花费时间慢慢磨就好了，不过叶云也付出了巨大的代价。
系统虽然在短时间内暴力入侵了这个世界的核心，达到了叶云之前所说的目的，但叶云也因为能量的输出一再提高，身体也出现了损伤，此时的他身体已经出现了不少细微的伤口，身上的衣服都已经被渗出的血染红了，而且此时系统的能量也只剩下百分之四十多一点。
叶云查看了一下自己身上的伤势，在看了下系统所剩的能量，苦笑道：“按照现在这种情况，这个世界就算拿到手，我们的能量最多也就剩下百分之十，损失惨重啊，早知道会是这样，还是稳妥一点比较好，不过，值。”
叶云的“值”字才落，一股强烈的眩晕感突然袭来，让他忍不住气血翻腾，猛的喷出了一口鲜血鲜血，然而这还没有完，他才喷完血，一股铺天盖地的强大威压便落到了他的身上，而他布下的防御阵法就跟泡泡一样，直接被戳破了，连一点抵挡的作用都没有发挥。